在勞動法中，規定了勞動者的權利和保障措施，同時也規定了勞動者應當履行的義務。如果勞動者違反了勞動法規定，用人單位可以對其進行處罰。其中，扣押勞動者證件是一種常見的處罰方式。但是，如何才能合法扣押勞動者證件呢？

首先，用人單位應當依據相關法律法規進行處罰，不能隨意扣押勞動者證件。在勞動者違反規定后，用人單位應當先進行調查，查明事實，確認違法行為，并制定相應的處罰方案。扣押勞動者證件只能是處罰方案中的一種，而不是隨意采取的手段。

其次，用人單位在扣押勞動者證件時，應當依據相關法律法規進行操作。根據《中華人民共和國勞動合同法》第三十八條的規定，用人單位可以要求勞動者提供相應的證明材料，但是不得要求勞動者提供與工作無關的證明材料。因此，在扣押勞動者證件時，用人單位應當確保自己的操作符合法律法規的要求，不得侵犯勞動者的合法權益。

，用人單位在扣押勞動者證件后，應當及時歸還。根據《中華人民共和國勞動合同法》第三十九條的規定，用人單位應當在勞動者要求歸還時及時歸還其證件。如果用人單位不能及時歸還，勞動者可以向勞動行政部門申請解決。

綜上所述，扣押勞動者證件是一種合法的處罰方式，但是必須依據相關法律法規進行操作。用人單位應當先進行調查，確認違法行為，并制定相應的處罰方案。在扣押勞動者證件時，應當確保自己的操作符合法律法規的要求，不得侵犯勞動者的合法權益。，用人單位應當及時歸還勞動者的證件。