行政機關在行使行政處罰權時，必須依照法定程序和時限進行，否則就會影響到行政處罰的合法性。如果行政機關超時限進行行政處罰，當事人可以申請行政復議來維護自己的合法權益。

具體來說，當事人可以在收到行政處罰決定書之日起60日內向上一級行政機關提出行政復議申請。如果上一級行政機關認為申請符合法律規定，就會受理申請，并在規定的時限內進行復議，對行政處罰決定進行審查和裁定。

值得注意的是，當事人在申請行政復議時，要注意提供充分的證據和理由，以證明行政機關超時限進行行政處罰的事實和法律依據。只有在證據和理由充分的情況下，行政復議申請才有可能被受理和支持。

此外，當事人還可以申請行政訴訟，向人民法院提起訴訟，要求撤銷行政處罰決定。但是，相比于行政復議，行政訴訟的程序更加復雜，需要承擔更高的訴訟成本和風險。

總之，當行政機關行政處罰超時限時，當事人可以通過申請行政復議來維護自己的合法權益。但是，在行政復議申請中，需要提供充分的證據和理由，以證明行政機關超時限進行行政處罰的事實和法律依據。