有罪免除是指在法律規定的情形下，法院認定被告人犯罪事實成立，但不予判處刑罰或者免除刑罰的情況。那么，如果被告人在刑事訴訟中因有罪免除而不被判處刑罰，那么組織部門是否會給予處罰呢？下面就來解讀相關法律法規。

首先，根據《中華人民共和國安全法》第七十四條規定，有罪免除的人員應當接受安全機關的監督管理，不得從事危害安全的活動。如果有罪免除的人員從事危害安全的活動，安全機關可以采取必要的措施予以制止和打擊，并及時報告有關部門。

其次，根據《中華人民共和國公務員法》第六十二條規定，公務員因犯罪被判刑的，應當予以開除；因犯罪被判緩刑的，應當予以免職。如果公務員因犯罪被判有罪免除刑罰的，不需要予以開除或免職。

再次，根據《中華人民共和國安全機關工作人員處置辦法》第二十四條規定，安全機關工作人員因犯罪被判刑的，應當予以開除；因犯罪被判緩刑的，應當予以免職。如果安全機關工作人員因犯罪被判有罪免除刑罰的，不需要予以開除或免職。

綜上所述，被告人因有罪免除而不被判處刑罰時，安全機關或公務員、安全機關工作人員不會給予處罰。有罪免除的人員應當接受安全機關的監督管理，不得從事危害安全的活動。如果有罪免除的人員從事危害安全的活動，安全機關可以采取必要的措施予以制止和打擊，并及時報告有關部門。