首先，商品質檢檢測不合格的企業將被責令改正，并要求進行整改。如果企業無法在規定時間內整改，將會被罰款。罰款數額根據不合格商品的數量和嚴重程度而定。

其次，如果商品質檢檢測不合格的企業屬于重大違規，將會被列入黑名單，并被暫停或注銷營業執照。此外，還可能面臨一定的法律責任。

，如果商品質檢檢測不合格導致了消費者的人身或財產損失，企業將會承擔相應的賠償責任。如果企業無法承擔賠償責任，將會被追究法律責任。

總之，商品質檢檢測不合格將會面臨多種處罰措施，從責令改正到罰款、列入黑名單、注銷營業執照，再到承擔賠償責任和法律責任等。因此，企業在進行商品質檢時必須嚴格按照要求進行，確保產品質量合格，以免面臨不必要的損失和懲罰。