稅務部門對企業進行注銷清稅核查時，會對企業的財務狀況、納稅情況進行全面的檢查和核查，以確保企業在注銷清稅過程中不會存在任何違規行為。在注銷清稅核查中，如果發現企業存在未繳納的稅款，那么就需要考慮是否需要對企業進行處罰。

一般來說，如果企業在注銷前已經繳納了所有的稅款，那么在注銷清稅核查中就不會出現未繳納稅款的情況，也就不需要進行處罰。但是，如果企業在注銷前存在未繳納的稅款，那么就需要對企業進行處罰。處罰的具體方式包括罰款、延遲注銷等。

需要注意的是，對于企業未繳納的稅款，稅務部門會根據具體情況進行判斷和處理。如果企業屬于無意或者過失未繳納稅款，那么稅務部門可能會對企業進行警告或者口頭批評，而不會采取罰款等嚴厲的處罰措施。但是，如果企業存在惡意逃稅等行為，那么稅務部門就會采取更加嚴厲的處罰措施。

總之，在注銷清稅核查中，如果企業存在未繳納的稅款，那么稅務部門會依據具體情況對企業進行處罰。企業應該在注銷前及時繳納稅款，以避免出現不必要的麻煩。