一、代理費從執行款中扣除的優缺點：

1. 優點：

（1）可以減少代理費用；

（2）可以提高執行款的有效利用率；

（3）可以減少執行款處理時間；

（4）可以縮短執行款的流轉周期；

2. 缺點：

（1）可能會降低執行款的及時性；

（2）可能會影響執行款的效率；

（3）可能會給當事人造成不必要的損失。

二、相關法律法規：

根據《中華人民共和國民法通則》第七十五條規定：“代理費用可以從執行款中扣除，但須經當事人同意。”

從上述內容可以看出，代理費從執行款中扣除存在優缺點，而且也要經過當事人的同意，才能夠從執行款中扣除代理費用，因此，代理費從執行款中扣除不違法，但須遵守法律法規，經當事人同意方可執行。